يتضمن المركز المختبرات التالية :  

1-  مختبر الكائنات الحية الدقيقة البحرية.
2-  مختبر المياه.

3-  مختبر الرواسب البحرية والتربة.
4-  بالإضافة إلى الاستعانة بمختبرات كلية العلوم وكلية الهندسة بالجامعة.